以中国医学科学院药用植物研究所及其海南分所、云南分所、广西分所、新疆分所、重庆分所、贵州分所的药用植物园为主体园，联盟全国从事药用植物种质资源迁地保护、保存和研究的药用植物园共同建设国家药用植物园体系。体系由三部分构成：主体园、共建园和联系园。国家药用植物园体系建设中主体园、共建园和联系园之间是相辅相成、携同发展、互通共享、相互促进、逐步完善的过程，各园协作共同推进国家药用植物园体系的建设。

1、主体园

由我国专业从事药用植物迁地保护的机构组成，根据保护药用植物的种类及保护规模，以中国医学科学院药用植物研究所总所与六个分所的药用植物园为核心，分别保存保护温带、热带、亚热带和干旱荒漠区域的药用植物；再针对各区域布局上不足的地区，选取这些区域有一定基础和较为良好保存环境与条件的药用植物园，通过一起协商达成共同的建设目标，待成熟后逐渐纳入到主体园。

2、共建园

选择在布局上或保存药用植物的种质上有特色和优势的药用植物园作为共建园，扩大对国家药用植物园体系的覆盖范围，主要分为三层。第一层：主要以政府、农林院所、各医药大学为主管的药用植物园；第二层：企业为主管建设的药用植物园；第三层：专门收集某类药用植物的园区，这其中又分为两类--A类为以某类药材为主的专类园，如枸杞园、银杏园、甘草园等；B类为以某个民族药为核心的专业收集保存园，如傣药园、蒙药园、藏药园等。

3、联系园

中科院及各省市综合性植物园中的药用植物专类园。